Dos especies de virus de parainfluenza porcina (PPIV), PPIV1 y PPIV5, están distribuidas globalmente en rebaños de cerdos y asociadas con enfermedades respiratorias porcinas, y se requiere una herramienta de diagnóstico para la detección simultánea de los dos virus. En este estudio, se desarrolló por primera vez un ensayo de reacción en cadena de la polimerasa por transcripción inversa en tiempo real basado en sondas TaqMan (dqRT-PCR) para la detección diferencial de los genes de la proteína nucleocápside (NP) de PPIV1 y PPIV5 en muestras clínicas porcinas. El ensayo dqRT-PCR fue altamente sensible, su límite de detección fue de aproximadamente 10 copias de ARN/reacción, amplificó específicamente los genes NP objetivo de PPIV1 y PPIV5 sin reaccionar cruzadamente con otros patógenos porcinos, y sus tasas de detección clínica fueron del 15.2% y 0.7%, respectivamente. Los resultados de 441 muestras clínicas tomadas de 278 granjas porcinas domésticas en Corea mostraron que la prevalencia de PPIV1 y PPIV5 fue del 11.2% y 1.1%, respectivamente, y se confirmó la coinfección de ambos virus en una granja, lo que sugiere que PPIV1 y PPIV5 están circulando conjuntamente en los rebaños porcinos actuales de Corea. El análisis filogenético basado en los genes NP parciales sugirió que cepas genéticamente diversas de PPIV1 están circulando en los rebaños porcinos de Corea. Se encontró que el ensayo dqRT-PCR desarrollado es una herramienta de detección precisa, confiable y cuantitativa para el ARN de PPIV1 y PPIV5 en muestras clínicas porcinas y será útil para estudios etiológicos y epidemiológicos y el control de infecciones virales en el campo.