El riego es importante en muchos sistemas de producción de cultivos. Sin embargo, el agua de riego puede ser portadora de patógenos de plantas que pueden ingresar al sistema y propagarse a los campos, lo que resulta en daños a los cultivos y pérdidas de rendimiento. El Valle del Bajo Río Grande del Sur de Texas es una zona importante para la producción agrícola que depende del Río Grande como fuente de agua para el riego. Por lo tanto, la presencia de patógenos de plantas en el Río Grande podría tener importantes implicaciones para la productividad de los cultivos en la región. Los métodos basados en cultivos y de identificación molecular se utilizan para monitorear los patógenos de plantas en el agua de riego. Sin embargo, estos métodos son laboriosos y solo detectan patógenos específicos. Para superar estas limitaciones, en este estudio se aplicó el método metagenómico de amplicón ITS2 para evaluar la diversidad fúngica, composición y presencia de patógenos fúngicos de plantas en el agua de riego del Río Grande a medida que sale del embalse de agua (WR) y llega a una válvula de riego en una granja (FA). Los resultados de los índices de Shannon (WR = 4.6 +/- 0.043, FA = 3.63 +/- 0.13) y Simpson (WR = 4.6 +/- 0.043, FA = 3.63 +/- 0.13) mostraron que hay diferencias significativas en la diversidad fúngica y la estructura de la comunidad entre las dos ubicaciones y el análisis de PCA mostró una clara diferenciación entre ambas comunidades fúngicas. Varios OTUs identificados en ambas ubicaciones incluyeron posibles patógenos de plantas de diversos géneros incluyendo , , y , mientras que otros como y se encontraron solo en una de las dos ubicaciones evaluadas. Este trabajo indica que los microbios, incluidos los patógenos de plantas, pueden ingresar o salir a lo largo del sistema de distribución de agua de riego, modificando así la composición de la comunidad microbiana en el camino. Comprender la dinámica del movimiento de patógenos de plantas en los sistemas de agua de riego puede ayudar a los productores a identificar factores de riesgo para desarrollar medidas para mitigar esos riesgos. Este estudio también muestra la utilidad del enfoque metagenómico para detectar y monitorear patógenos de plantas en el agua de riego.