Evaluar cómo la sequía meteorológica afecta las áreas cubiertas por ecosistemas naturales es un desafío debido a la falta de datos climáticos basados en el suelo, registros históricos y observaciones de estaciones meteorológicas con cobertura limitada. Esta investigación prueba cómo los índices derivados de la reflectancia de la superficie (SRDI) pueden resolver este problema al evaluar la condición y la dinámica de la vegetación. Utilizamos datos de reflectancia de superficie a largo plazo, mensuales (26 años hidrológicos, 1992/93-2017/18) de los satélites Landsat 5 TM, 7 ETM+ y 8 OLI/TIRS y calculamos los siguientes cinco SRDI: Índice de Vegetación de Diferencia Normalizada (NDVI), Temperatura de la Superficie del Suelo (LST), Índice de Salud de la Vegetación (VHI), Índice de Agua de Diferencia Normalizada (NDWI) e Índice de Vegetación Ajustado por Suelo Modificado (MSAVI). El SRDI nos permite detectar, clasificar y cuantificar el área afectada por la sequía en la Cuenca del Valle de Guadalupe (GVB) a través de correlaciones con el Índice de Sequía de Reconocimiento (RDI) y el Índice de Precipitación Estandarizado (SPI) (datos basados en estaciones meteorológicas). Para combinaciones particulares de SRDI-RDI y SRDI-SPI, encontramos correlaciones estacionales positivas durante abril-mayo (IS2) y para valores anuales (AN) (MSAVI IS2-RDI AN, R = 0.90; NDWI IS2-SPI AN, R = 0.89; VHI AN-RDI AN, R = 0.86). El área afectada por la sequía en la GVB representó más del 87% durante 2001/02, 2006/07, 2013/14 y 2017/18. MSAVI y NDWI son los mejores indicadores de sequía meteorológica en esta región, y su aplicación minimiza la dependencia de la disponibilidad de series de datos climáticos.