La emergencia del virus SARS-CoV-2 y el crecimiento exponencial de los casos de COVID-19 han creado una crisis importante para los sistemas de salud pública. La identificación crítica de portadores asintomáticos contagiosos requiere el aislamiento de ácidos nucleicos virales, la transcripción inversa y la amplificación por PCR. Sin embargo, la escasez de reactivos propietarios específicos o la falta de plataformas automatizadas han obstaculizado seriamente la capacidad de diagnóstico en muchos países. Aquí proporcionamos un procedimiento para la detección de SARS-CoV-2 con fines diagnósticos a partir de muestras clínicas en el entorno de un laboratorio de biología molecular de investigación básica. El procedimiento detalla los pasos necesarios para el análisis diario de hasta 500 muestras clínicas con un equipo compuesto por 12 investigadores experimentados. El protocolo ha sido diseñado para depender de reactivos y dispositivos ampliamente disponibles, para hacer frente a muestras clínicas heterogéneas, garantizar la extracción de ácidos nucleicos a partir de material biológico muy escaso y minimizar la tasa de resultados falsos negativos.