La identificación de genotipos más tolerantes al déficit hídrico es un desafío para los programas de mejoramiento. En esta investigación, nuestros objetivos fueron identificar y validar rasgos de tolerancia al déficit hídrico en eucaliptos. La estimación de parámetros genotípicos y la selección temprana se proponen en base a modelos mixtos, índices de selección y esquemas de validación. Las plántulas con 110 días se cultivaron en un invernadero durante 12 semanas, y se realizaron dos tratamientos de déficit hídrico (glicol de polietileno y limitación de agua). Se evaluaron un total de 26 biomarcadores, de los cuales 15 fueron significativos, mostraron una heredabilidad adecuada y se utilizaron para el screening: altura final de la planta, incremento en altura, incremento en diámetro, área de la hoja madura y completamente expandida, contenido de nutrientes de N, K, Ca, Mg, S, Cu, Zn, Mn y B, fotosíntesis (A) y conductancia estomática (gs). Ambos tratamientos fueron adecuados para discriminar clones tolerantes al déficit hídrico. La clasificación de clones tolerantes según su fenotipo en el campo demuestra el potencial para una selección temprana y es consistente con el mantenimiento de mecanismos de tolerancia al déficit hídrico hasta la adultez. Existe evidencia de que la elección del biomarcador depende de la especie involucrada y de diferentes estrategias que contribuyen al rasgo de tolerancia.