Los capibaras son los roedores más grandes de la Tierra. Aunque los capibaras son hospedadores de varias especies de garrapatas, hay información limitada sobre los patógenos transmitidos por garrapatas que pueden portar. Investigamos la presencia de piroplasmidos y spp. en capibaras y sus garrapatas asociadas en dos áreas periurbanas del estado de Goiás, en el centro-oeste de Brasil. Se utilizaron muestras de sangre recolectadas de 23 capibaras para investigar la presencia de piroplasmidos y spp. en frotis de sangre teñidos y mediante PCR. Las garrapatas recolectadas de los capibaras fueron identificadas morfológicamente y también se probaron mediante PCR para los mismos patógenos. Se recolectaron un total de 955 garrapatas, incluyendo 822 (86.1%), 132 (13.8%) y una (0.1%) larva no identificada de sp. Ni los capibaras ni las garrapatas dieron positivo para spp. Sin embargo, un examen de frotis de sangre teñida reveló la presencia de merozoítos en forma de anillo y en forma de pera en los eritrocitos de un (4.4%) capibara. De la misma manera, el 47.8% (11/23) y el 19.9% (36/181) de las muestras de sangre y garrapatas, respectivamente, fueron positivas para piroplasmidos en la PCR. Secuenciamos con éxito un fragmento parcial del gen 18S rRNA de cuatro muestras (dos capibaras, una y una), y la reconstrucción filogenética reveló que el organismo reportado en el presente estudio se agrupa dentro del género. Se requiere más investigación para una delimitación formal de esta especie (designada como cepa sp. Capybara) y para investigar la hipótesis de que y las garrapatas son vectores.