El género, que comprende entre 400 y 500 especies, es importante en varios hábitats aluviales o húmedos del hemisferio norte. Es un cultivo prometedor para aplicaciones como la producción de biomasa, biocombustibles o proyectos medioambientales. La delimitación clara de especies es crucial en ecología, biotecnología y horticultura. Se probaron marcadores DArTseq, una técnica de genoma completo, para la identificación de especies e híbridos. Se analizaron un total de 179 muestras de sauce, incluyendo seis especies de subgénero y cuatro especies de subgénero, incluidas aquellas utilizadas en la producción de cultivos de biomasa, representando taxones europeos importantes. La identificación de marcadores específicos de especies, análisis de agrupamiento (análisis de coordenadas principales, vecino más cercano) y métodos bayesianos (Structure) identificaron de manera inequívoca híbridos putativos. Además de demostrar la alta eficiencia de los marcadores DArT-seq en la identificación de híbridos de sauce, también planteamos nuevas preguntas sobre los procesos de hibridación y la sistemática. Detectamos hibridación unidireccional entre y, formando híbridos de retrocruzamiento, y rechazamos la hipótesis de que no ocurre naturalmente en Europa. Además, se confirmó la posición aislada de dentro del género.