La contaminación y otros efectos antropogénicos han provocado una disminución del salmón atlántico en la Península Ibérica. El esfuerzo de repoblación realizado en la década de 1980, con salmones de latitudes del norte con el objetivo de mitigar el declive de las poblaciones nativas, fracasó, probablemente debido a la deficiencia en la adaptación de los salmones extranjeros del norte de Europa a las aguas cálidas de la Península Ibérica. Este resultado implicaría que las poblaciones ibéricas de salmón atlántico han experimentado adaptación local en su historia evolutiva pasada, como se ha descrito para otras poblaciones de esta especie y otros salmónidos. La adaptación local puede ocurrir por selecciones divergentes entre entornos, favoreciendo la fijación de alelos que aumentan la aptitud de una población en el entorno que habita en relación con otros alelos favorecidos en otra población. En este trabajo, comparamos los genomas de diferentes poblaciones de la Península Ibérica (cuencas atlántica y cantábrica) y Escocia con el fin de proporcionar evidencia tentativa de SNPs candidatos responsables de las diferencias adaptativas entre poblaciones, que pueden explicar los fracasos de repoblación llevados a cabo durante la década de 1980. Para este propósito, las muestras fueron genotipadas con un array de SNP de alta densidad de 220,000 (Affymetrix) específico para el salmón atlántico. Nuestros resultados revelaron evidencia potencial de adaptación local para las poblaciones del norte de España y Escocia. Como era de esperar, la mayoría de las diferencias concernían a la comparación de la Península Ibérica con Escocia, aunque también hubo diferencias entre las poblaciones atlántica y cantábrica. Una alta proporción de los genes identificados están relacionados con el desarrollo y el metabolismo celular, la transcripción de ADN y la estructura anatómica. Se identificó un SNP particular dentro de la enzima málica dependiente de NADP-2 (MEP-2*), previamente reportado por estudios independientes como candidato a adaptación local en salmones de la Península Ibérica. Curiosamente, el SNP correspondiente dentro de la región MEP-2* fue consistente con un patrón genómico de selección divergente.