Debido a la complejidad de los poliploides, el secuenciamiento y la caracterización de todo el genoma de la caña de azúcar están muy rezagados en comparación con otros cultivos. Los marcadores de ADN basados en PCR son una opción viable y económica para evaluar la diversidad genética y verificar los genotipos. En este estudio, se diseccionó el espaciador intergénico del ARN ribosomal 5S (ITS) de 171 accesiones de spp. y spp., incluyendo 30 accesiones de , 71 de , 17 de , 25 de , 13 de , 2 de , 5 cultivares de caña de azúcar (hibridaciones de spp.), 6 de spp. (anteriormente spp.) y 2 de especies desconocidas. Los espaciadores ITS se amplificaron a partir de 10 ng de ADN de hoja de cada acceso con los cebadores universales de PCR PI y PII. Los espaciadores amplificados por PCR (amplicones) se analizaron tanto por electroforesis en gel de agarosa como por electroforesis capilar (CE). Mientras que la electroforesis en gel de agarosa reveló cinco patrones de bandeo, se detectaron un total de 42 amplicones polimórficos, que van desde 60 a 506 pb, mediante CE. Tres amplicones de 234, 235 y 236 pb de tamaño se amplificaron de todas las accesiones de seis especies, excepto de tres accesiones (Molokai 5573, NG 57-054 y NG 77-235) que carecían del amplicón de 236 pb. El patrón de bandeo de 234, 235 y 236 pb encontrado en fue menos consistente que en otras especies, a veces faltando algunas pero no todas las bandas en esta región. Un amplicón de 61 pb se amplificó solo a partir de las variedades híbridas de caña de azúcar. Los patrones PI/PII indicaron diversidad y subpoblaciones dentro de , lo cual podría utilizarse potencialmente en mejoramiento genético. Además, los amplicones específicos de solo estaban en su mayoría ausentes en las accesiones de spp., que produjeron amplicones de 405 y 406 pb, y cualquier patrón de las excepciones indicaba una identificación errónea. La accesión Kalimpong tenía un patrón único de bandeo en CE que era diferente al de todas las demás accesiones. Aunque el patrón de agrupamiento de los 42 amplicones solo discriminaba a nivel de género, estos amplicones ayudaron a identificar nueve accesiones mal clasificadas. Este estudio demuestra además que estos amplicones PI/PII podrían ser marcadores particularmente útiles para los mejoradores en las estaciones de campo de caña de azúcar para confirmar y discriminar rápidamente entre las accesiones de las colecciones de germoplasma.