El cultivo denso y la asociación de cultivos son las principales formas de mejorar la producción de soja. Sin embargo, ambos enfrentan estrés por sombreado entre y dentro de los cultivos. Esto conduce a la elongación del tallo, lo que resulta en inclinación y pérdidas de rendimiento. La mayoría de los estudios anteriores se han centrado en las etapas de crecimiento posteriores para la tolerancia a la sombra. Sin embargo, se ha encontrado que la etapa de plántula es crucial, y comprender la base genética de la tolerancia a la sombra en esta etapa es fundamental para la mejora del rendimiento. En este estudio, se utilizaron 310 accesiones de soja para evaluar la tolerancia a la sombra en condiciones de invernadero. La altura de la planta (PH), la longitud del tallo principal (MSL) y la longitud del hipocótilo (HL) se examinaron en la etapa de plántula, y sus ratios de tratamiento/control (PH_r, MSL_r, HL_r) se utilizaron para el análisis genético de la tolerancia a la sombra. Su variación fenotípica general y su heredabilidad (H) oscilaron entre 22,97-36,85% y 31,66-83,81%, respectivamente. RTM-GWAS identificó 12, 10 y 6 QTLs asociados con PH_r, MSL_r y HL_r, respectivamente. Entre estos, uno estaba asociado tanto con PH_r como con MSL_r, y uno asociado con el rasgo HL_r mostró la mayor contribución (R = 10,38%). Además, se propusieron siete genes candidatos prometedores, principalmente vinculados a factores de transcripción sensibles al etileno, respaldados por sus roles establecidos en el desarrollo de plantas y respuestas al estrés, como se evidenció en estudios previos. El germoplasma, los QTLs y los genes candidatos identificados en este estudio mejoran nuestra comprensión de la tolerancia a la sombra y tienen el potencial de acelerar la cría de sojas resilientes a la sombra.