La capacidad de regeneración de plantas a partir de células desdiferenciadas abre la posibilidad de que la bioingeniería molecular produzca cultivos con características deseables. Las señales de desarrollo y ambientales que controlan la totipotencia celular están reguladas por la expresión génica a través de la remodelación dinámica de la cromatina. Utilizando un enfoque basado en espectrometría de masas, investigamos los cambios epigenéticos en las proteínas histonas durante la formación de callos a partir de raíces y brotes de plántulas. Se encontró que los niveles aumentados de la variante de histona H3.3 eran la característica principal y más prominente de los callos de 20 días, asociados con la relajación de la cromatina. El estado de metilación en los callos derivados de raíces y brotes alcanzó el mismo nivel durante la propagación a largo plazo, mientras que las diferencias en los niveles de acetilación proporcionaron una huella duradera del origen de raíces y brotes. Por otro lado, las señales epigenéticas de origen desaparecieron completamente durante los 20 días de propagación de callos en presencia de inhibidores de histona deacetilasa (HDACi), butirato de sodio y trichostatina A. Cada HDACi afectó el estado de las modificaciones post-traduccionales de las histonas de manera específica; los callos tratados con NaB eran epigenéticamente más similares a los callos derivados de raíces, y los callos tratados con TSA se asemejaban a los callos derivados de brotes.