Las plantas de té son una de las especies arbóreas más significativas desde el punto de vista económico en el mundo. La cultura de tejidos sirve como un método crucial en la reproducción comercial al facilitar la propagación rápida de genotipos valiosos y la generación de clones libres de enfermedades. Sin embargo, el pardeamiento del callo representa un desafío común en la cultura de tejidos de plantas de té y puede afectar negativamente el crecimiento y desarrollo del explante. Nuestra investigación demuestra que, aunque los agentes anti-pardeamiento pueden suprimir eficazmente el pardeamiento, inducen cambios de color distintos en el callo. Estas variaciones de color podrían influir significativamente en la inducción del callo y en los patrones de crecimiento subsiguientes. En este estudio, se emplearon tejidos de callo de la variedad cv. Mengku como materiales experimentales y se trataron con tres agentes anti-pardeamiento comúnmente utilizados: ácido ascórbico (VC), carbón activado (AC) y polivinilpirrolidona (PVP). Los resultados demostraron que, aunque estos tres reactivos inhibieron eficazmente el pardeamiento, también indujeron cambios de color distintos en los explantes, que aparecieron rojos, verdes y blancos, respectivamente. Además, este estudio investigó los mecanismos moleculares subyacentes a los cambios de color del callo utilizando enfoques transcriptómicos y metabolómicos. Basado en el análisis del transcriptoma, se reveló que las vías de fotosíntesis y biosíntesis de flavonoides estaban significativamente enriquecidas. El análisis metabolómico identificó 14 ácidos fenólicos, que mostraron una variación significativa en su acumulación a través de callos de diferentes colores. La expresión diferencial de genes involucrados en las vías de biosíntesis de flavonoides, junto con los patrones de acumulación distintos de metabolitos, puede aliviar eficazmente el daño fotooxidativo y mejorar la resistencia del callo al pardeamiento. El AC activa la fotosíntesis del callo regulando la asignación de fuentes de carbono y aumentando la expresión de genes clave en las familias de fotosíntesis. Este proceso promueve la biosíntesis de clorofila, permitiendo así que el callo crezca verde, mientras que el VC activa la expresión de genes clave en la vía de flavonoides, que están involucrados en la regulación de la síntesis de pigmentos en el callo rojo. Este estudio elucidó los mecanismos moleculares subyacentes a los efectos de los agentes anti-pardeamiento sobre las variaciones de color en el callo, proporcionando así una base teórica sólida para la optimización, el establecimiento de sistemas de cultura de tejidos de plantas de té y la mejora de la calidad de las variedades.