Las ballenas esperma son un mamífero marino famoso por la sustancia aromática, el ámbar gris, que se produce en su colon. Se sabe poco sobre los procesos biológicos de producción de ámbar gris, y este estudio tiene como objetivo investigar el mecanismo genético de producción de ámbar gris en la ballena esperma basado en su genoma a nivel de cromosoma. Los análisis de genómica comparativa encontraron 1207 familias de genes expandidas y 321 genes seleccionados positivamente (PSGs) en la ballena esperma, y los análisis de enriquecimiento funcional sugirieron vías y términos reveladores relacionados con el metabolismo de esteroides, terpenoides y aldosterona, así como la interacción de microbiota y la red inmune en el intestino. Además, se detectaron dos mutaciones específicas de la ballena esperma (Tyr393His y Leu567Val) en el PSG LIPE, que se ha informado que desempeña roles vitales en el metabolismo de lípidos y colesterol. En total, se anotaron 46 genes CYP y 22 genes HSD, y luego se mapearon a los cromosomas de la ballena esperma. Además, el análisis filogenético de los genes CYP en seis mamíferos encontró que las subfamilias CYP2E1, CYP51A y CYP8 mostraron una expansión relativa en la ballena esperma. Nuestros resultados podrían ayudar a comprender el mecanismo genético de producción de ámbar gris y revelar aún más el patrón de evolución convergente entre los animales que producen compuestos odoríferos similares.