La enfermedad de la mancha bacteriana (BB) es un estrés grave que afecta hasta el 80% del rendimiento del arroz. Utilizar una variedad resistente de élite se pensaba anteriormente como una forma alternativa de controlar los brotes de la enfermedad. La variedad indígena de arroz de secano ULR207 es un donante de alto potencial para el programa de mejoramiento de resistencia a la BB. Sin embargo, los loci de rasgos cuantitativos (QTL) asociados con la resistencia a la mancha bacteriana en esta variedad aún no se han descubierto. Por lo tanto, es necesario identificar los QTL asociados con la resistencia a la BB. En este estudio, identificamos los QTL asociados con la resistencia a la BB en la población F cruzada entre la variedad resistente a la BB ULR207 y Maled Phai, así como una variedad susceptible, a través del análisis QTL-seq y el análisis de segregación masiva. Encontramos un nuevo locus asociado a la resistencia a la BB mapeado en el cromosoma 8. Se identificaron cinco posiciones como candidatas. Posteriormente, se diseñaron marcadores de PCR específicos de alelos competitivos (KASP) específicos para la variante SNP y la posición de cada gen. Estos marcadores, asociados con el fenotipo de longitud de lesión de la enfermedad, fueron validados con otras 178 plantas individuales de la población F a través de un análisis de marcador único. Este análisis reveló que la posición era el locus más fuerte, con un PVE del 15.00%. Los resultados sugieren que este marcador SNP KASP podría utilizarse para mejorar el arroz de élite para la resistencia a la BB.