Los polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) se están convirtiendo en la forma dominante de marcador molecular para el análisis genético y genómico. Los avances en la secuenciación de ADN de segunda generación ofrecen oportunidades para identificar un número muy grande de SNPs en una variedad de especies. Sin embargo, la identificación de SNPs sigue siendo un desafío para genomas grandes y poliploides debido a su tamaño y complejidad. Hemos desarrollado un pipeline para la identificación robusta de SNPs en genomas grandes y complejos utilizando datos de secuenciación de ADN de segunda generación de Illumina y hemos demostrado esto mediante el descubrimiento de SNPs en el genoma de trigo hexaploide. Hemos desarrollado un pipeline de descubrimiento de SNPs llamado SGSautoSNP (Secuenciación de Segunda Generación AutoSNP) y lo hemos aplicado para descubrir más de 800,000 SNPs entre cuatro cultivares de trigo hexaploide a través de los cromosomas 7A, 7B y 7D. Todos los SNPs se presentan para su descarga y visualización dentro de una base de datos pública GBrowse. La validación sugiere una precisión de más del 93% de que los SNPs representan polimorfismos entre cultivares de trigo y, por lo tanto, son valiosos para un análisis detallado de la diversidad, selección asistida por marcadores y genotipado por secuenciación. El pipeline produce salida en formato GFF3, VCF, Flapjack o diseño de Illumina Infinium para un genotipado adicional de poblaciones diversas. Además de proporcionar un recurso sin precedentes para el análisis de diversidad del trigo, el método establece una base para el descubrimiento de SNPs de alta resolución en otros genomas grandes y complejos.