La endometriosis (EMT) es una enfermedad ginecológica crónica que afecta a millones de mujeres. Sin embargo, los mecanismos precisos que subyacen a este trastorno siguen siendo en gran medida inexplorados. En este estudio, realizamos análisis de asociación de transcriptoma completo (TWAS) para descubrir nuevos genes de susceptibilidad vinculados a la EMT. Además, empleamos análisis de aleatorización mendeliana (MR) y de colocalización para profundizar en las asociaciones causales entre los genes candidatos en diferentes tejidos y la EMT. Además, para elucidar los mecanismos por los cuales estos genes influyen en el riesgo de EMT, realizamos análisis de MR en dos muestras para evaluar los roles mediadores de los factores de riesgo modificables en las vías causales que conectan los genes identificados a través de los tejidos y la EMT. Nuestros hallazgos revelaron que los niveles de expresión de varios genes, incluidos CISD2, EFRB, GREB1, IMMT, SULT1E1 y UBE2D3, en varios tejidos influían en el riesgo de EMT, siendo los niveles de lípidos en sangre y la circunferencia de la cadera mediadores en estas asociaciones. Estos hallazgos contribuyen a una comprensión más profunda de los mecanismos regulatorios transcripcionales específicos de los tejidos asociados con la EMT, ofreciendo perspectivas que pueden mejorar las estrategias de manejo y tratamiento para la EMT.