La población de Intercruce de Generación Avanzada Multi-Padre (MAGIC) es una herramienta poderosa para descomponer la arquitectura genética que controla la variación natural en rasgos complejos. En este trabajo, se evaluó la variación natural disponible en las líneas MAGIC mediante el mapeo de loci de rasgos cuantitativos (QTL) para la longitud de la raíz primaria (PRL), el número de raíces laterales (LRN), la longitud de las raíces laterales (LRL), el número de raíces adventicias (ARN) y la longitud de las raíces adventicias (ARL). Analizamos las diferencias en la estructura de las raíces de 139 líneas MAGIC midiendo PRL, LRN, LRL, ARN y ARL. A través del mapeo de QTL, identificamos nuevos genes potenciales que pueden ser responsables de estos rasgos. Además, detectamos polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) en las regiones codificantes de los genes candidatos en los accesos fundadores y las líneas recombinantes endogámicas (RIL). Identificamos una región significativa en el cromosoma 1 asociada con la formación de AR. Esta región abarca 316 genes, muchos de los cuales están involucrados en la señalización y homeostasis de auxina y giberelina. Descubrimos SNP en las regiones codificantes de estos genes candidatos en los accesos fundadores que pueden contribuir a la variación natural en las características de AR. Además, encontramos un nuevo gen que codifica una proteína de la familia de glicoproteínas ricas en hidroxiprolina, que exhibe SNP diferenciales en accesos con formación de AR contrastante. Este estudio proporciona información genética sobre la variación natural en el número de AR utilizando líneas MAGIC vinculadas a genes relacionados con hormonas.