Algunas plantas acuáticas presentan un metabolismo y crecimiento rápidos, incluso en condiciones subóptimas, y se vuelven dominantes en ambientes lénticos como grandes embalses, alterando el ciclo de nutrientes y deteriorando su calidad ambiental. Existe una gran necesidad de conocer los procesos de impacto de las especies invasoras en ambientes acuáticos, entre los principales, los relacionados con la descomposición. Este estudio evaluó la descomposición anaeróbica de macrófitas sumergidas invasoras: Egeria densa Planch, nativa, e Hydrilla verticillata (L.f.) Royle, exótica, en los embalses de Porto Primavera y Jupiá, cuenca del Paraná. Se evaluó la descomposición de la materia orgánica, el grado de humificación del material lixiviado, la conductividad eléctrica y el pH del proceso de descomposición. Se utilizaron modelos matemáticos para describir los patrones de descomposición a lo largo del tiempo. Ambas especies mostraron el mismo patrón heterogéneo de descomposición de la materia orgánica y mineralización del carbono. Los modelos de mineralización del carbono, comparados con los datos experimentales presentados, fueron adecuados. Ambas especies no muestran diferencias significativas en los procesos de descomposición. Las incubaciones de ambas especies presentaron un t½ rápido para la mineralización de POC y una baja mineralización de DOC.