Un array de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) de alta densidad es esencial para permitir un progreso más rápido en la mejora de plantas para el desarrollo de nuevos cultivares. En este sentido, hemos desarrollado un array de SNP de almendra Axiom 60K mediante la resecuenciación de 81 accesiones de almendra. Para la validación del array, se genotiparon un conjunto de 210 accesiones y el 82.8% de los SNPs fueron clasificados entre los mejores SNPs recomendados. La tasa de datos faltantes fue entre el 0.4% y el 2.7% para las accesiones de almendra y menos del 15.5% para las pocas accesiones de durazno y silvestres, lo que sugiere que este array puede ser utilizado para estudios genéticos de durazno y de intercruzamiento entre durazno y almendra. Los valores de los dos SNPs vinculados a los genes de (resistencia a nematodos) y (amargor) fueron consistentes. También genotipamos 49 híbridos de una progenie F2 de almendra y pudimos construir un mapa genético con un conjunto de 1159 SNPs. Las tasas de error, inferiores al 1%, se evaluaron comparando réplicas y detectando desviaciones de la herencia mendeliana en la progenie F2. Este array de almendra está disponible comercialmente y debería ser una herramienta de genotipado rentable útil en la búsqueda de nuevos genes y loci de rasgos cuantitativos (QTL) involucrados en el control de rasgos agronómicos.