(Lour.) Spreng. es una especie de árbol de importancia económica que produce madera de agar, una valiosa resina medicinal y aromática, cuando se lesiona. Sin embargo, su cultivo a gran escala ha llevado a confusiones respecto a sus recursos y antecedentes genéticos, obstaculizando la conservación y gestión de accesiones. Este estudio desarrolló y validó sistemáticamente marcadores moleculares de repeticiones en secuencia simple (SSR) utilizando datos de resecuenciación de genoma completo (WGR) de 60 accesiones para elucidar su diversidad genética y estructura poblacional. Se identificaron un total de 56,657 secuencias de SSR (24,430 loci), dominadas por motivos de repeticiones de dinucleótidos (73.59%). Después de un control de calidad riguroso, se obtuvieron 46 loci de SSR de alta calidad, y se diseñaron 93 pares de cebadores para la validación de amplificación. En última instancia, se seleccionaron 20 pares de cebadores con amplificación estable y alto polimorfismo, de los cuales 11 mostraron un alto polimorfismo (contenido de información polimórfica: 0.554-0.688). Estos 20 pares de cebadores identificaron un total de 121 alelos, con un promedio de 6 alelos por locus. Estos cebadores clasificaron con éxito 149 accesiones en tres subpoblaciones, logrando una tasa de discriminación del 95.97%. El análisis de varianza molecular reveló que la variación genética dentro de los individuos representó el 84% de la variación total. Este estudio establece un método rápido y eficiente basado en SSR aprovechando datos de resecuenciación para el descubrimiento de marcadores a gran escala. Además, proporciona un marco técnico robusto para la conservación y utilización sostenible de esta valiosa especie.