El arroz es uno de los cultivos más importantes del mundo, y su producción se ve gravemente afectada por la enfermedad del tizón del arroz causada por un hongo. Se han descrito varios genes de resistencia al tizón y QTLs asociados con la resistencia al tizón, y se han identificado principalmente en variedades de arroz. En este trabajo, informamos sobre la obtención de una línea de cría de arroz resistente al tizón derivada de cruces entre la variedad resistente CT13432 y el cultivar élite JSendra (altamente susceptible al tizón). La línea de cría, llamada COPSEMAR9, mostró resistencia al tizón de la hoja y al tizón de la panoja, como se demostró en ensayos de enfermedad bajo condiciones controladas y de campo. Además, se obtuvo una secuencia genómica de alta calidad de la línea de cría resistente al tizón utilizando una estrategia que combina la secuenciación de lecturas cortas (secuenciación Illumina) y la secuenciación de lecturas largas (secuenciación Pacbio). El uso de un enfoque de genoma completo permitió el mapeo fino de regiones de ADN de origen presentes en el genoma de COPSEMAR9 y la identificación de regiones génicas parentales que podrían contribuir a la resistencia al tizón en la línea de cría. Se identificaron genes de resistencia al tizón del arroz (incluidos los derivados del progenitor resistente) y genes relacionados con la defensa en el genoma de COPSEMAR9. Los análisis de genoma completo también revelaron la presencia de microARNs (miARNs) con una función conocida en la respuesta del arroz a la infección en COPSEMAR9, que también podrían contribuir a su fenotipo de resistencia al tizón. A partir de este estudio, la información genómica y los métodos de análisis proporcionan un conocimiento valioso que será útil en programas de cría para la resistencia al tizón en cultivares de arroz.