Desarrollo de un RT-PCR digital de cristal multiplex para la detección diferencial del virus del síndrome reproductivo y respiratorio porcino clásico, altamente patógeno y similar al NADC30
Autores: Long, Feng; Chen, Yating; Shi, Kaichuang; Yin, Yanwen; Feng, Shuping; Si, Hongbin
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Desarrollo de un RT-PCR digital de cristal multiplex para la detección diferencial del virus del síndrome reproductivo y respiratorio porcino clásico, altamente patógeno y similar al NADC30
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Zootecnia
Palabras clave
Virus del síndrome reproductivo y respiratorio porcino
Tipo 1 de PRRSV
Tipo 2 de PRRSV
Genotipo norteamericano
PRRSV similar a NADC30
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 10
Citaciones: Sin citaciones
El virus del síndrome reproductivo y respiratorio porcino (PRRSV) tipo 1 (genotipo europeo) y el PRRSV tipo 2 (genotipo norteamericano) son prevalentes en todo el mundo. Hoy en día, el genotipo norteamericano PRRSV (NA-PRRSV) ha estado circulando ampliamente en China y ha causado enormes pérdidas económicas a la industria porcina. En los últimos años, el PRRSV clásico (C-PRRSV), el PRRSV altamente patogénico (HP-PRRSV) y el PRRSV similar a NADC30 (NL-PRRSV) han sido las cepas más comunes en circulación en China. Para diferenciar con precisión las cepas circulantes de NA-PRRSV, se diseñaron tres pares de cebadores específicos y sondas correspondientes para la región Nsp2 de C-PRRSV, HP-PRRSV y NL-PRRSV. Después de optimizar la temperatura de anillado, la concentración de cebadores y la concentración de sondas, se desarrollaron un RT-PCR cuantitativo en tiempo real multiplex (qRT-PCR) y un RT-PCR digital cristal multiplex (cdRT-PCR) para la detección diferencial de C-PRRSV, HP-PRRSV y NL-PRRSV. Los resultados mostraron que los dos ensayos ilustraron alta sensibilidad, con un límite de detección (LOD) de 3.20 x 10 copias/L para el qRT-PCR multiplex y 3.20 x 10 copias/L para el cdRT-PCR multiplex. Ambos ensayos detectaron específicamente los virus objetivo, sin reacción cruzada con otros virus porcinos, e indicaron una excelente repetibilidad, con coeficientes de variación (CVs) de menos del 1.26% para el qRT-PCR multiplex y 2.68% para el cdRT-PCR multiplex. Luego, se utilizaron un total de 320 muestras clínicas para evaluar la aplicación de estos ensayos, y las tasas de positividad de C-PRRSV, HP-PRRSV y NL-PRRSV mediante el qRT-PCR multiplex fueron del 1.88%, 21.56% y 9.69%, respectivamente, mientras que las tasas de positividad mediante el cdRT-PCR multiplex fueron del 2.19%, 25.31% y 11.56%, respectivamente. La alta sensibilidad, la fuerte especificidad, la excelente repetibilidad y la fiabilidad de estos ensayos indican que podrían proporcionar herramientas útiles para la detección simultánea y diferencial de las cepas circulantes de C-PRRSV, HP-PRRSV y NL-PRRSV en el campo.
Descripción
El virus del síndrome reproductivo y respiratorio porcino (PRRSV) tipo 1 (genotipo europeo) y el PRRSV tipo 2 (genotipo norteamericano) son prevalentes en todo el mundo. Hoy en día, el genotipo norteamericano PRRSV (NA-PRRSV) ha estado circulando ampliamente en China y ha causado enormes pérdidas económicas a la industria porcina. En los últimos años, el PRRSV clásico (C-PRRSV), el PRRSV altamente patogénico (HP-PRRSV) y el PRRSV similar a NADC30 (NL-PRRSV) han sido las cepas más comunes en circulación en China. Para diferenciar con precisión las cepas circulantes de NA-PRRSV, se diseñaron tres pares de cebadores específicos y sondas correspondientes para la región Nsp2 de C-PRRSV, HP-PRRSV y NL-PRRSV. Después de optimizar la temperatura de anillado, la concentración de cebadores y la concentración de sondas, se desarrollaron un RT-PCR cuantitativo en tiempo real multiplex (qRT-PCR) y un RT-PCR digital cristal multiplex (cdRT-PCR) para la detección diferencial de C-PRRSV, HP-PRRSV y NL-PRRSV. Los resultados mostraron que los dos ensayos ilustraron alta sensibilidad, con un límite de detección (LOD) de 3.20 x 10 copias/L para el qRT-PCR multiplex y 3.20 x 10 copias/L para el cdRT-PCR multiplex. Ambos ensayos detectaron específicamente los virus objetivo, sin reacción cruzada con otros virus porcinos, e indicaron una excelente repetibilidad, con coeficientes de variación (CVs) de menos del 1.26% para el qRT-PCR multiplex y 2.68% para el cdRT-PCR multiplex. Luego, se utilizaron un total de 320 muestras clínicas para evaluar la aplicación de estos ensayos, y las tasas de positividad de C-PRRSV, HP-PRRSV y NL-PRRSV mediante el qRT-PCR multiplex fueron del 1.88%, 21.56% y 9.69%, respectivamente, mientras que las tasas de positividad mediante el cdRT-PCR multiplex fueron del 2.19%, 25.31% y 11.56%, respectivamente. La alta sensibilidad, la fuerte especificidad, la excelente repetibilidad y la fiabilidad de estos ensayos indican que podrían proporcionar herramientas útiles para la detección simultánea y diferencial de las cepas circulantes de C-PRRSV, HP-PRRSV y NL-PRRSV en el campo.