Muchos factores influyen en el desarrollo y establecimiento de los microbiomas intestinal y del tracto respiratorio superior en neonatos. Es importante destacar que estos microbiomas desempeñan un papel significativo en el mantenimiento del huésped y en las fisiologías de salud en los sistemas huésped-microbio. En los sistemas de terneros lecheros, los factores ecológicos que impactan la asamblea microbiana no están completamente elucidado. Por lo tanto, el objetivo de este estudio piloto fue caracterizar el establecimiento de los microbiomas fecales y nasales en la primera etapa de vida de los terneros lecheros y evaluar el impacto de los estados de enfermedad en el desarrollo microbiano. Además, investigamos las fuerzas que rigen la composición microbiana para comprender mejor los factores que moldean las poblaciones de comunidades microbianas. En este estudio, observamos cambios dinámicos en la diversidad y composición de los microbiomas de los terneros neonatales y demostramos que el estado de enfermedad impacta el microbioma gastrointestinal. Nuestros resultados sugieren además que los microbiomas en la primera etapa de vida son impulsados estocásticamente, regidos por dinámicas basadas en la teoría neutral. Estos resultados, en conjunto, proporcionan a los investigadores una hoja de ruta para investigar más a fondo cómo se desarrollan los microbiomas en la primera etapa de vida y cómo se ven afectados por la enfermedad. Juntos, este estudio y futuros estudios podrían ayudar a mejorar la calidad de vida en la gestión de terneros lecheros.