La pera ( spp.) es un cultivo frutal importante en la familia Rosaceae, y se han realizado esfuerzos extensos para desarrollar variedades élite. Con los avances en las tecnologías de secuenciación del genoma, los polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) se utilizan comúnmente como marcadores de ADN en especies de cultivos. En este estudio, se llevó a cabo un descubrimiento a gran escala de SNPs utilizando genotipificación por secuenciación en una colección de 48 accesiones de pera cultivada. Se encontraron un total de 256,538 SNPs confiables en 17 cromosomas, y se filtraron 288 SNPs basados en el contenido de información polimórfica, la tasa de heterocigosidad y la distribución genómica. Este subconjunto de SNPs se utilizó para genotipar 144 accesiones adicionales, que consistían en (53), (27), (19), (26), híbridos interespecíficos (14) y otros (5). Los 232 SNPs con polimorfismos confiables revelaron variaciones genéticas entre y dentro de las especies en las 192 accesiones de pera. Las especies asiáticas (, , y ) y los híbridos interespecíficos se diferenciaron genéticamente de las especies europeas (). Además, la población mostró una mayor diversidad genética en relación con las otras poblaciones. Los 232 SNPs y cuatro subconjuntos (192, 96, 48 y 24 SNPs) fueron evaluados para la identificación de variedades. El subconjunto de 192 SNPs identificó 173 (90.1%) de 192 accesiones, lo que fue comparable a 175 (91.1%) de los 232 SNPs. Los otros tres subconjuntos mostraron tasas de identificación del 81.8% (24 SNPs) al 87.5% (96 SNPs). Los SNPs resultantes serán un recurso útil para investigar variaciones genéticas y desarrollar un sistema eficiente de código de barras de ADN para la identificación de variedades en peras cultivadas.