El tizón del arroz, causado por el patógeno fúngico, es una de las enfermedades más devastadoras que afectan la producción de arroz en todo el mundo, lo que resulta en pérdidas significativas de rendimiento y amenaza la seguridad alimentaria global. La gravedad del tizón del arroz, particularmente en regiones susceptibles, subraya la urgente necesidad de estrategias de resistencia efectivas disponibles. En este estudio, se desarrollaron seis conjuntos de marcadores moleculares específicos de genes para el locus asociado con la resistencia al tizón del arroz, basándose en secuencias de genes disponibles públicamente. La validación experimental confirmó su alta precisión. Durante el proceso de desarrollo de marcadores, se identificó un nuevo haplotipo del locus. Este haplotipo se caracteriza por mutaciones de 14 pb y una inserción de 9 pb dentro de la región de la secuencia codificante en comparación con el alelo. Posteriormente, se desarrolló y validó un marcador molecular específico para este haplotipo. La aplicación de estos siete conjuntos de marcadores para analizar 163 cultivares de arroz criados en la provincia de Yunnan entre 1980 y 2020 reveló que el 38.65% de los cultivares portan el alelo, lo que indica una baja frecuencia de resistencia contra el hongo del tizón del arroz en condiciones de campo. En contraste, solo una pequeña proporción de cultivares posee otros alelos del locus, que exhiben frecuencias de resistencia más altas. Estos hallazgos destacan la limitada utilización de los genes del locus en la mejora del arroz en Yunnan. Además, el 21.47% de los cultivares carecen de cualquiera de los alelos del locus mencionados, lo que indica la diversidad genética y la complejidad de los recursos genéticos de arroz de la provincia de Yunnan.