Desarrollo de un protocolo informado por el genoma para la detección de pv. utilizando LAMP y PCR
Autores: Díaz, Daniela; Zamorano, Alan; García, Héctor; Ramos, Cecilia; Cui, Weier; Carreras, Claudia; Beltrán, María Francisca; Sagredo, Boris; Pinto, Manuel; Fiore, Nicola
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Desarrollo de un protocolo informado por el genoma para la detección de pv. utilizando LAMP y PCR
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Cáncer bacteriano
Pv. Pam
Cerezos
PCR
LAMP
Métodos de detección
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 11
Citaciones: Sin citaciones
Uno de los agentes causales del chancro bacteriano es pv. -Pam (anteriormente pv. ). Recientemente detectado en Chile, Pam es conocido por causar lesiones en las partes aéreas de la planta, seguidas de síntomas más severos como chancros y gomosis en las etapas posteriores de la enfermedad. Este estudio presenta el diseño de métodos de detección PCR y LAMP para la identificación específica y sensible de pv. (Pam) en cerezos. Se recolectaron doce aislados, se secuenciaron y posteriormente se caracterizaron mediante Análisis de Secuencia de Múltiples Locus (MLSA) y Identidad Promedio de Nucleótidos por blast (ANIb). Tres de ellos (11116B2, S1 Pam y S2 Pam) fueron identificados como pv. y se utilizaron para encontrar genes específicos a través del servidor RAST, comparando su genoma con el de otros, incluidos aislados de otras cepas de Pam. Se seleccionó el gen efector para el diseño de cebadores que se utilizarían para ambas técnicas, evaluando la sensibilidad y especificidad, así como la capacidad de detectar Pam directamente de tejidos vegetales. Mientras que el límite de detección por PCR fue de 100 pg de ADN bacteriano purificado por reacción, los ensayos de LAMP pudieron detectar hasta 1 fg de ADN purificado por reacción. Se observaron resultados similares utilizando tejidos vegetales, siendo LAMP más sensible que PCR, incluso al usar ADN extraído de tejidos vegetales infectados. Ambos métodos de detección se probaron en presencia de 30 otros géneros bacterianos, siendo LAMP más sensible que PCR.
Descripción
Uno de los agentes causales del chancro bacteriano es pv. -Pam (anteriormente pv. ). Recientemente detectado en Chile, Pam es conocido por causar lesiones en las partes aéreas de la planta, seguidas de síntomas más severos como chancros y gomosis en las etapas posteriores de la enfermedad. Este estudio presenta el diseño de métodos de detección PCR y LAMP para la identificación específica y sensible de pv. (Pam) en cerezos. Se recolectaron doce aislados, se secuenciaron y posteriormente se caracterizaron mediante Análisis de Secuencia de Múltiples Locus (MLSA) y Identidad Promedio de Nucleótidos por blast (ANIb). Tres de ellos (11116B2, S1 Pam y S2 Pam) fueron identificados como pv. y se utilizaron para encontrar genes específicos a través del servidor RAST, comparando su genoma con el de otros, incluidos aislados de otras cepas de Pam. Se seleccionó el gen efector para el diseño de cebadores que se utilizarían para ambas técnicas, evaluando la sensibilidad y especificidad, así como la capacidad de detectar Pam directamente de tejidos vegetales. Mientras que el límite de detección por PCR fue de 100 pg de ADN bacteriano purificado por reacción, los ensayos de LAMP pudieron detectar hasta 1 fg de ADN purificado por reacción. Se observaron resultados similares utilizando tejidos vegetales, siendo LAMP más sensible que PCR, incluso al usar ADN extraído de tejidos vegetales infectados. Ambos métodos de detección se probaron en presencia de 30 otros géneros bacterianos, siendo LAMP más sensible que PCR.