Brasil enfrenta el desafío de desarrollar herramientas de biomonitoreo para su uso en programas de evaluación de la calidad del agua, pero hasta la fecha se han desarrollado pocos índices multimétricos. Este estudio forma parte de un esfuerzo para probar e implementar programas que utilizan macroinvertebrados bentónicos como bioindicadores en el estado de Río de Janeiro. Nuestro objetivo inicial fue probar el Índice Multimétrico de Serra dos Órgãos (SOMI) en una zona diferente, Serra da Bocaina (SB), en la misma ecorregión. Muestreamos 27 arroyos de diferentes tamaños y altitudes en la región de SB. A pesar de las similitudes ambientales, los resultados indicaron diferencias biológicas entre los sitios de referencia de ambas regiones. Considerando estas diferencias, decidimos desarrollar un índice específico para la región de SB: el Índice Multimétrico de Serra da Bocaina (MISB). Se evaluaron veintidós métricas para determinar la sensibilidad al deterioro y la redundancia, y seis métricas se consideraron válidas para integrar el MISB: riqueza familiar, riqueza de tricópteros, % de coleópteros, % de dípteros, índice IBE-IOC y proporción de EPT/quironómidos. Una prueba del MISB en once sitios indicó que estaba más relacionado con el uso del suelo y los parámetros fisicoquímicos del agua que con la altitud o el ancho del cauce, lo que lo convierte en una herramienta útil para el monitoreo y la evaluación de los cauces en la biorregión.