Los índices bióticos son herramientas importantes para evaluar la calidad del agua en los programas de biomonitoreo de cuencas hidrográficas. El objetivo de este estudio fue desarrollar un Índice Multimétrico Bentónico (IMB) para evaluar la calidad del agua en una cuenca neotropical del sureste de Brasil. Se evaluaron treinta métricas y se seleccionaron seis para calcular el IMB: riqueza familiar, % de oligoquetos, % de quironómidos + oligoquetos (% CHOL), % de EPT (Ephemeroptera, Plecoptera y Trichoptera), % de recolectores-recolectores e índice biótico BMWP-CETEC. El muestreo se realizó por triplicado en 21 sitios de muestreo (8 en el cauce del río y 13 en los afluentes) durante cuatro viajes de recolección anuales, de junio de 2004 a noviembre de 2007, con un total de 945 muestras. Se asignaron puntuaciones (5, 3 o 1) a cada métrica seleccionada y se sumaron para establecer los criterios de calidad del agua (puntuación de 6 a 12: mala; de 13 a 18: intermedia; de 19 a 24: buena; y de 25 a 30: muy buena). Nuestros resultados indicaron que el 48 % de los sitios de muestreo analizados en la cuenca hidrográfica presentaron una calidad del agua muy buena, el 14 % buena, el 19 % regular y el 19 % mala. Esta metodología demostró ser una herramienta eficaz para evaluar la calidad del agua en el Programa de Biomonitoreo de la cuenca del río Velhas y podría servir para evaluar la calidad del agua en otras cuencas hidrográficas de Sudamérica.