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Desarrollo de Repeticiones de Secuencia Simple de (Coleoptera: Cerambycidae) Basado en Secuenciación de ADN Asociada a Sitios de Restricción

Autores: Lu, Jintao; Zhang, Senzhe; Liu, Jiaxin; Zhang, Yuhua; Hu, Lijuan; Yang, Zhende; Hu, Ping

Idioma: Inglés

Editor: MDPI

Año: 2024

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Acceso abierto

Artículo científico
2024

Desarrollo de Repeticiones de Secuencia Simple de (Coleoptera: Cerambycidae) Basado en Secuenciación de ADN Asociada a Sitios de Restricción


Categoría

Ciencias Naturales y Subdisciplinas

Subcategoría

Biología

Palabras clave

Escarabajo
Nematodo
Pinus massoniana
Cebadores SSR
Filogeografía
Mapeo genético

Licencia

CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual

Consultas: 23

Citaciones: Sin citaciones


Descripción
Los bosques de pinos han sufrido daños importantes por el escarabajo, que propaga el nematodo y representa una amenaza seria para las coníferas como Pinus massoniana. Para llenar el vacío de conocimiento sobre la filogeografía de, se diseñaron cebadores de repeticiones de secuencia simple (SSR) como parte de este trabajo. Para encontrar SSR polimórficos, los investigadores secuenciaron especímenes de tres ubicaciones diferentes utilizando el enfoque Red-seq. Después de un análisis adicional, se encontraron 95,612 loci SSR, la mayoría de los cuales eran repeticiones de mononucleótidos (51.43%), dinucleótidos (28.79%) y trinucleótidos (16.74%). Se seleccionaron dieciocho pares de cebadores SSR por su estabilidad y alto polimorfismo, con tipificación genética que mostró un conteo promedio de alelos de 3-8, heterocigosidad (Ho) de 0.13 a 0.73, valores de PIC que oscilan entre 0.29 y 0.78, y el índice de Shannon entre 0.59 y 1.80. El estudio resultó en 16 pares de cebadores SSR utilizables, mejorando las capacidades de investigación en filogeografía, mapeo genético y genómica funcional de.

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