(1) Antecedentes: El croaker amarillo pequeño, un pez de importancia económica en Asia Oriental, ha sido objeto de disminuciones poblacionales debido a la sobrepesca y presiones ambientales. El desarrollo de programas de cría efectivos se considera crucial para la especie, y se considera esencial la asignación precisa de la paternidad para tales programas. (2) Métodos: Se utilizó el genoma de referencia ensamblado del croaker amarillo pequeño para seleccionar marcadores microsatélites altamente polimórficos. Se optimizó un sistema de PCR multiplex para la amplificación simultánea de estos marcadores. La precisión del sistema se validó utilizando pares de apareamiento controlados y se aplicó posteriormente a un escenario de apareamiento grupal. (3) Resultados: El sistema de PCR multiplex desarrollado demostró una alta precisión en la asignación de la descendencia a sus padres tanto en los escenarios de apareamiento controlado como grupal. (4) Conclusiones: El sistema se presenta como una herramienta valiosa para la gestión de pedigrí, la cría selectiva y los esfuerzos de conservación del croaker amarillo pequeño, facilitando prácticas de acuicultura sostenibles y la mejora genética.