Los ensayos de cuantificación de daño en el ADN, como el ensayo de cometas, se han centrado en la medición del daño nuclear total por célula. La adopción de técnicas basadas en PCR para cuantificar el daño en el ADN ha permitido una evaluación específica de secuencias y orgánulos de las lesiones en el ADN. Aquí informamos sobre una adaptación de una técnica de qPCR para evaluar el daño en el ADN en objetivos nucleares y mitocondriales en relación con el control. Los aspectos novedosos de este ensayo incluyen la aplicación del ensayo a la plataforma Rotor-Gene con una combinación optimizada de polimerasa de ADN/fluoróforo/juego de cebadores en un protocolo de PCR de touchdown. La validación del ensayo se realizó utilizando radiación ultravioleta C en las líneas celulares cancerosas A549 y THP1. Se realizó una comparación con el ensayo de cometas aplicado a células mononucleares de sangre periférica, y se llevó a cabo una estimación de los efectos de la criopreservación sobre el daño en el ADN inducido por la radiación ultravioleta C. Finalmente, se midieron las respuestas de dosis para el daño en el ADN en células mononucleares de sangre periférica tras la exposición a los agentes citotóxicos bleomicina y cisplatino. Mostramos resultados experimentales reproducibles en las condiciones probadas y concordancia con hallazgos publicados con respecto a las susceptibilidades genotóxicas mitocondriales y nucleares. La aplicación de este ensayo de daño en el ADN a una amplia gama de muestras clínicas y derivadas de laboratorio es tanto factible como eficiente en recursos.