El nitrógeno es esencial para el crecimiento y la formación de calidad de las plantas de té. El uso excesivo e ineficiente de fertilizantes de nitrógeno conduce a aumentos de costos y contaminación del ecosistema. Es importante mejorar la eficiencia en el uso del nitrógeno (NUE) para las plantaciones de té. La cría de variedades de alto NUE mediante selección asistida por marcadores utilizando genes asociados al NUE es un enfoque viable. Sin embargo, se han identificado pocos marcadores moleculares relacionados con la absorción y utilización de nitrógeno en las plantas de té. En este estudio, se identificaron un total de 2554 loci de SNP dentro de genes relacionados con el NUE en una base de datos. De los SNP no sinónimos, 46 se convirtieron con éxito en marcadores KASP. Estos marcadores se utilizaron en 35 germoplasmas de té para evaluar su idoneidad y precisión en el análisis genético. Los resultados muestran que 42 marcadores presentaron polimorfismos y los valores de PIC oscilaron entre 0.05 y 0.38. Los resultados de agrupamiento del árbol filogenético fueron básicamente consistentes con el fenotipo, mostrando que los germoplasmas de té con alta acumulación de nitrógeno y gran biomasa se agruparon en un mismo clúster. Utilizando estos marcadores, se construyeron las huellas dactilares de estos germoplasmas. El análisis de asociación preliminar mostró que había dos SNP (CsSNP07 y CsSNP11) dentro de (CSS0001304) que estaban significativamente asociados con la acumulación de nitrógeno (F = 4.631, P = 0.039 y F = 3.054, P = 0.047) y un SNP (CsSNP40) dentro de (CSS0035405) que estaba significativamente asociado con la biomasa (F = 3.842, P = 0.032). Estos marcadores funcionales SNP-KASP serán valiosos para la evaluación temprana de los germoplasmas de té y podrían acelerar la cría de variedades de alto NUE.