El maní cultivado (Arachis hypogaea) es un cultivo oleaginoso y económico de importancia global, pero su estrecha base genética limita el progreso en la mejora. Las especies silvestres representan recursos genéticos valiosos para mejorar la resiliencia del cultigen de maní. Si bien las especies silvestres de la sección Arachis son ampliamente utilizadas en programas de mejora, la detección de cromosomas extraños en híbridos sigue siendo un desafío debido a las limitadas herramientas moleculares. En este estudio, se estableció un sistema rentable y eficiente para generar marcadores moleculares específicos de especies utilizando datos de secuenciación de nueva generación de baja cobertura, eludiendo la necesidad de ensamblaje de genoma completo. Utilizando el software Chorus2, se desarrollaron marcadores oligo de cromosomas extraños específicos (SAO) para cuatro especies silvestres, Arachis stenosperma (acceso A19), Arachis batizocoi (A10), Arachis villosulicarpa (A33) y Arachis hypogaea (G2 y G3). Se diseñaron un total de 1166 pares de cebadores, resultando en 220 marcadores SAO específicos para A19, 77 para A10, 112 para A33, 69 para G2 y 59 para G3, con la mayor eficiencia de desarrollo observada en A19 (55.0%). Estos marcadores abarcan todos los cromosomas de los cinco accesos silvestres. A nivel del genoma, los marcadores SAO específicos de cromosomas permiten la detección eficiente de cromosomas extraños introgresados y proporcionan información sobre las relaciones sinténicas entre cromosomas homeólogos. Estos marcadores ofrecen una herramienta efectiva para identificar genes favorables y facilitar la introgressión dirigida para la mejora genética del maní cultivado.