Kenaf es una de las plantas de cáñamo natural más importantes. La crianza asistida por marcadores moleculares es vital para acelerar el proceso de cría de kenaf. Sin embargo, el número de marcadores de kenaf es insuficiente para la cría asistida por marcadores moleculares. Utilizando datos de secuenciación del transcriptoma para plantas de kenaf estresadas por sal, se determinó el número y la distribución de repeticiones de secuencias simples (SSRs) y variaciones de nucleótido único (SNVs) en las secuencias expresadas. Los objetivos de este estudio fueron dilucidar las variaciones de secuencia en los genes de kenaf expresados en respuesta al estrés por sal e identificar marcadores moleculares estables y confiables. Se diseñaron cebadores para loci SSR y luego se generaron marcadores moleculares EST-SSR. Los análisis posteriores revelaron que el 30.50% de los unigenes contenían motivos SSR, la mayoría de los cuales eran de un solo nucleótido seguidos de trinucleótidos y dinucleótidos. Los unigenes que contenían SSRs estaban mayormente asociados con la tolerancia al estrés salino en kenaf. Además, se detectaron 10,483 SNVs en secuencias de contig. De los 3995 genes expresados diferencialmente que codifican proteínas interactivas, 1297 contenían SSRs. La mayoría de estos genes estaban asociados con vías metabólicas (por ejemplo, factores de transcripción 03000, transducción de señales B09132 y sistema de relevación de azufre 04122). Diseñamos 20 pares de cebadores EST-SSR para genotipar 30 variedades (líneas) de kenaf, de los cuales 9 pares de cebadores fueron ideales para el genotipado (por ejemplo, 1 marcador altamente polimórfico y 2 marcadores moderadamente polimórficos). Los pares de cebadores diseñados para los marcadores EST-SSR en el genoma de kenaf pueden ser útiles como marcadores moleculares SSR para investigaciones futuras sobre kenaf. Los marcadores polimórficos verificados pueden ser aplicables a la cría asistida por marcadores moleculares de variedades de kenaf tolerantes a la sal.