El Pokkah Boeng (PB) de la caña de azúcar, una enfermedad fúngica causada por spp., representa una amenaza significativa para las industrias azucareras a nivel mundial. La cría de variedades de caña de azúcar resistentes al PB se ha convertido en una prioridad, y la minería de genes de resistencia al PB y el desarrollo de marcadores moleculares proporcionan una base sólida para este propósito. Este trabajo analiza de manera integral los componentes genéticos de la resistencia de la caña de azúcar al PB utilizando secuenciación de transcriptomas. Se creó una población segregante cruzando el progenitor susceptible ROC25 con el progenitor resistente Yunzhe89-7, que es una variedad tradicional conocida por su resistencia al PB. El análisis del transcriptoma descubrió muchos genes expresados diferencialmente (DEGs) asociados con la resistencia al PB. Utilizando el análisis de red de coexpresión génica ponderada (WGCNA), identificamos módulos génicos estrechamente relacionados con los fenotipos de la enfermedad. Anotamos sus funciones con herramientas de bioinformática, enfocándonos particularmente en genes enriquecidos en la vía de señalización MAPK de la respuesta inmune de las plantas y en las vías de síntesis de transportadores ABC. Además, al integrar datos de resecuenciación de genoma completo de líneas parentales y datos de transcriptoma de la descendencia, identificamos una serie de marcadores moleculares putativos que potencialmente diferencian de manera efectiva entre materiales altamente resistentes y susceptibles. Nuestro estudio proporciona recursos genéticos cruciales y metodologías moleculares que son esenciales para el avance de variedades de caña de azúcar con una resistencia mejorada al PB. Se espera que estas innovaciones aceleren enormemente el proceso de cría.