La precisión y eficiencia de la selección asistida por marcadores (MAS) ha sido probada para especies de acuicultura económicamente críticas. El mero papa, una nueva especie de mero cultivada en Taiwán, muestra un gran potencial en acuicultura debido a su rápido crecimiento en comparación con otros meros. Debido a la falta de información genética sobre el mero papa, se desarrollaron los primeros marcadores de repeticiones simples en secuencias (SSR) y polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) derivados del transcriptoma y de etiquetas de secuencias expresadas (EST). Inicialmente, el transcriptoma se obtuvo de siete bibliotecas de cDNA utilizando la plataforma Illumina. El transcriptoma del mero papa produjo 51.34 Gb y 111,490 unigenes. Los marcadores SSR y SNP derivados de EST se aplicaron en la gestión genética, en el análisis de parentesco y para descubrir los marcadores funcionales de rasgos económicos. Los juveniles F fueron identificados como hermanos de un par de padres (80 reproductores). Se analizaron individuos de crecimiento rápido y lento utilizando marcadores moleculares funcionales y a través de su asociación con el rendimiento de crecimiento. Los resultados revelaron que dos SNPs estaban correlacionados con rasgos de crecimiento. La base de datos del transcriptoma obtenida en este estudio y sus marcadores SSR y SNP derivados pueden aplicarse no solo para MAS, sino también para mantener la diversidad genética funcional en el nuevo mero cultivado.