El trigo no glaucous puede reducir la reflexión de la luz solar en regiones de cultivo de baja luminosidad, mejorando la eficiencia fotosintética y potencialmente aumentando el rendimiento. En trabajos anteriores, se descubrió una línea cuticular no glaucous, YL-429, en derivados de híbridos pentaploides al cruzar el trigo sintético LM/AT23 (cuticular no glaucous) con su progenitor tetraploide donante LM (glaucous) y autofecundándose hasta las generaciones F. En el presente estudio, se utilizó la hibridación fluorescente in situ multicolor para caracterizar el cariotipo de la línea YL-429; se realizó la resecuenciación del genoma para identificar el punto de ruptura de la translocación del cromosoma 2D-2A de YL-429; y se llevó a cabo un análisis de secuenciación masiva para detectar el SNP en el fragmento translocado y desarrollar marcadores específicos de PCR alelo-competitivos para su uso en la mejora. La línea YL-429 se determinó preliminarmente como una línea de translocación 2DS y 2AS (LM T2DS-2AS.2AL) a través de la cariotipificación. La alineación del genoma identificó un segmento de aproximadamente 13.8 Mb, que incluye el gen inhibidor de cera, en la región telomérica del brazo del cromosoma 2DS, reemplazando un segmento de aproximadamente 16.1 Mb en el brazo del cromosoma 2AS. Según los datos de secuenciación de ADN masivo, se desarrollaron 27 marcadores KASP específicos para detectar el fragmento translocado del 2DS. La línea de translocación LM T2DS-2AS.2AL YL-429 podría ser útil para mejorar la fotosíntesis del trigo durum cultivado en regiones de cultivo de baja luminosidad. Los marcadores desarrollados pueden ayudar en la selección de la translocación T2DS-2AS.2AL en la mejora.