Los frijoles de soya vegetales son uno de los tipos de vegetales más importantes en Asia Oriental. El rendimiento de los frijoles de soya vegetales está considerablemente influenciado por el tamaño de sus vainas. Para facilitar la comprensión de la base genética de la longitud y anchura de las vainas en los frijoles de soya vegetales, llevamos a cabo un estudio de asociación de genoma a nivel mundial (GWAS) y secuenciación de transcriptoma. Cuatro loci de rasgos cuantitativos, a saber, , , , y , fueron mapeados a través del análisis de GWAS. A través de la integración de la anotación de la función génica, la secuenciación del transcriptoma y el análisis del patrón de expresión, identificamos y como los determinantes clave de la longitud y anchura de las vainas en los frijoles de soya vegetales, respectivamente. Además, se desarrollaron y validaron efectivamente dos marcadores de reacción en cadena de polimerasa de alelo específico competitivo (KASP), a saber, S06-42138365 (A/T) y S13_628331 (A/T), en 27 accesiones de frijoles de soya vegetales. En general, nuestra investigación identificó genes que regulan la longitud y anchura de las vainas y determinó marcadores KASP para la selección asistida por marcadores moleculares en la cría. Estos hallazgos tienen implicaciones cruciales para la mejora de los cultivos de soya y pueden contribuir al desarrollo de estrategias de cría eficientes.