Se desarrollaron marcadores de repeticiones simples en secuencia (SSR) de roselle (L.) utilizando tecnología de secuenciación de ARN, proporcionando una base para el análisis genético y la identificación de variedades de roselle. En este estudio, se identificaron 10,785 unigenes que contenían 12,994 loci SSR con un promedio de un locus SSR por cada 6.87 Kb, y la frecuencia de ocurrencia de los loci SSR fue del 11.36%. Los motivos de repeticiones de trinucleótidos fueron los más abundantes, seguidos por las repeticiones de dinucleótidos, siendo AAG/CTT y AT/AT los tipos predominantes, respectivamente. Después de seleccionar 100 pares de cebadores con un ratio polimórfico del 32.0%, obtuvimos 32 pares de cebadores, resultando en bandas polimórficas claras y estables. Veintisiete pares de cebadores fueron altamente o moderadamente polimórficos, y siete pares de cebadores fueron altamente polimórficos. El análisis de relaciones genéticas basado en los cebadores SSR seleccionados mostró que 38 accesiones de roselle se clasificaron en diferentes clados, con aquellos de las mismas regiones agrupados en los mismos subgrupos. En contraste, los individuos con rasgos morfológicos únicos fueron separados. Se construyeron huellas de ADN de 38 variedades de roselle utilizando cinco cebadores SSR, proporcionando un método efectivo para identificar variedades de roselle a nivel molecular. Nuestros datos ofrecen nuevas perspectivas sobre la genética de y pueden ser utilizados en la mejora de roselle asistida por SSR.