El camarón azul del Pacífico es un producto premium en el mercado internacional de mariscos. Sin embargo, la intensificación de la acuicultura ha aumentado la incidencia de enfermedades y reducido la diversidad genética. En este estudio, desarrollamos una base de datos de transcriptomas y extraímos marcadores de microsatélites para analizar su diversidad genética. Utilizando la plataforma Illumina HiSeq 4000, identificamos 53,263 unigenes de músculo, hepatopáncreas, intestino y tejidos linfoides. El análisis de microsatélites identificó 36,415 marcadores de 18,657 unigenes, predominantemente repeticiones de dinucleótidos. La anotación funcional destacó vías clave de resistencia a enfermedades y categorías enriquecidas. La selección y prueba de PCR de 42 marcadores basados en transcriptomas y 58 basados en literatura identificaron 40 con amplificación exitosa. La genotipificación de 200 muestras de reproductores reveló que los valores de , , , PIC, y fueron 3, 0.54 +/- 0.05, 0.43 +/- 0.09, 0.41 +/- 0.22, y 0.17 +/- 0.27, respectivamente, indicando una variabilidad genética moderada y una significativa endogamia. Se identificaron cuatro marcadores de microsatélites universales (CL1472.Contig13, CL517.Contig2, Unigene5692 y Unigene7147) para un análisis preciso de la diversidad en camarones azules del Pacífico, camarones blancos del Pacífico y camarones tigre negros. La base de datos de transcriptomas apoya el desarrollo de marcadores y el análisis funcional de genes para programas de cría selectiva. Nuestros hallazgos subrayan la necesidad de un sistema de gestión genética adecuado para mitigar la depresión por endogamia, reducir la susceptibilidad a enfermedades y preservar la diversidad genética en poblaciones de camarones cultivados.