La acuicultura de camarones enfrenta una grave enfermedad, la enfermedad necrotizante hepatopancreática aguda (AHPND), causada por (Vp). Para una acuicultura de camarones sostenible, se deben prevenir las pérdidas masivas de camarones infectados con Vp. La investigación y selección de camarones tolerantes a la infección por Vp es un enfoque sostenible para reducir el riesgo de AHPND. Este estudio se centró en la identificación y desarrollo de marcadores de ADN potenciales asociados con AHPND utilizando secuenciación DArT (DArTSeq) y un estudio de asociación a nivel genómico. Tres poblaciones de post-larvas fueron sumergidas en Vp para recolectar muestras susceptibles (D) y tolerantes (S). Los 45 camarones D y 48 S tuvieron sus genotipos analizados utilizando DArTSeq. Se obtuvieron un total de 108,983 SNPs y 17,212 InDels de los datos de DArTseq, mientras que los 516 SNPs bialélicos y 2293 InDels fueron finalmente filtrados con PIC < 0.1, MAF < 0.05 y una tasa de llamada >= 80%. Los variantes filtrados fueron analizados por su asociación con la tolerancia a AHPND. Aunque no hubo SNPs e InDels significativamente asociados por encima del umbral de corrección de Bonferroni, se proporcionaron variantes candidatas, cuatro SNPs y 17 InDels correspondientes a < 0.01, para una validación adicional del rasgo de tolerancia a AHPND. Los SNPs candidatos se localizan en un exón del gen similar a la proteína de dedo de zinc 239, en un intrón de un gen no caracterizado y en regiones intergénicas. La mayoría de los InDels candidatos se encuentran en las regiones intergénicas, con menos en las regiones intrónicas y exónicas. Este estudio proporciona información sobre SNPs e InDels para el camarón blanco. Estos marcadores apoyarán la base de datos de variantes de camarones y serán útiles en la acuicultura de camarones para la selección de reproducción.