La marchitez de la espiga por Fusarium (FHB) es una enfermedad devastadora del trigo a nivel mundial. La utilización de genes de resistencia de parientes silvestres ofrece un enfoque prometedor para la mejora genética. Introgressamos la resistencia al FHB del cromosoma 1E en el trigo común al inducir recombinación homeóloga con el cromosoma 1B del trigo utilizando el mutante. De una población de 376 individuos BCF, identificamos 19 líneas recombinantes independientes 1E-1B utilizando marcadores KASP y hibridación in situ genómica por fluorescencia (FGISH). La genotipificación de alta resolución con un array de SNP de 130K mapeó con precisión los puntos de ruptura de recombinación, revelando un hotspot en el brazo largo distal. Una evaluación fenotípica adicional reveló que 11 recombinantes exhibieron una resistencia al FHB significativamente mejorada en comparación con el control susceptible Chinese Spring (CS). El mapeo citogenético y físico localizó la resistencia a un intervalo subtelomérico de aproximadamente 48 Mb en el brazo largo del cromosoma 1E. Este estudio proporciona un nuevo germoplasma de trigo con resistencia mejorada al FHB, delimita la ubicación física de los genes de resistencia en el cromosoma 1E y demuestra una estrategia eficiente para la introgressión precisa de genes valiosos de parientes silvestres en el trigo cultivado.