El diseño asistido por computadora suele dar inspiraciones y se ha convertido en una estrategia vital para desarrollar nuevos pesticidas mediante la reconstrucción de compuestos naturales líderes. La patulina, una micotoxina lactona heterocíclica insaturada, es un nuevo inhibidor de PSII natural y muestra una actividad herbicida significativa contra varias malas hierbas. Sin embargo, algunas evidencias, especialmente la preocupación por la salud, impiden su desarrollo como bioherbicida. En este trabajo, se combinan el acoplamiento molecular y la predicción del riesgo de toxicidad para construir modelos de interacción entre el ligando y el receptor, y diseñar y seleccionar nuevos derivados. Basado en el análisis de un modelo de acoplamiento de patulina con la proteína D1, se diseñan un total de 81 derivados y se clasifican según estimaciones cuantitativas de valores de similitud a fármacos (QED) y energías libres. Entre los nuevos derivados diseñados, se seleccionan cuarenta y cinco derivados con mejores afinidades que la patulina para evaluar más a fondo su toxicología. Finalmente, se indica que cuatro derivados de patulina, D3, D6, D34 y D67, con mayor afinidad de unión pero menor toxicidad que la patulina, tienen un gran potencial para desarrollarse como nuevos herbicidas con una potencia mejorada.