El virus de la hepatitis A de pato tipo 1 (DHAV-1) es el principal patógeno que causa hepatitis viral en patos, caracterizado por una alta contagiosidad y mortalidad aguda. Las vacunas atenuadas vivas de DHAV-1 se utilizan ampliamente para controlar la enfermedad. Este estudio tiene como objetivo desarrollar un ensayo de amplificación de mutación por desajuste (MAMA)-PCR para la detección rápida y diferenciación de cepas silvestres de DHAV-1 de Corea de cepas de vacunas. Se diseñó un cebador MAMA para dirigirse a un polimorfismo de nucleótido único (SNP) en la posición 2276 dentro del gen VP1, permitiendo la diferenciación en una sola reacción de PCR. El MAMA-PCR identificó con precisión ambas cepas, con límites de detección de 10 ELD/mL y 10 ELD/mL, respectivamente. El MAMA-PCR demostró especificidad, sin mostrar reactividad cruzada con 12 otros patógenos virales y bacterianos. El MAMA-PCR se aplicó a 89 granjas, obteniendo resultados consistentes con nested-PCR y determinación de secuencia, identificando cuatro granjas positivas para cepas de vacunas de DHAV-1. En conclusión, este estudio es el primero en emplear el método MAMA-PCR para distinguir entre cepas silvestres y cepas de vacunas de DHAV-1. El método desarrollado es rápido, simple, específico y sensible, sirviendo así como una herramienta efectiva para diagnósticos clínicos en la identificación y diferenciación entre cepas silvestres y cepas de vacunas de DHAV-1 de Corea.