El monitoreo del estado de conservación de los peces de agua dulce en peligro de extinción utilizando métodos menos invasivos plantea desafíos para los ecólogos y conservacionistas. Se han propuesto encuestas visuales como una alternativa a la electropesca, que es una metodología estándar que puede causar lesiones, estrés fisiológico y mortalidad post-liberación en los organismos. Para probar la eficacia de los métodos visuales, se realizó un estudio en un arroyo intermitente de Cerdeña (Italia). Se emplearon dos métodos visuales: una encuesta visual desde las orillas del arroyo (VSS) y una encuesta visual submarina (UVS) utilizando cámaras. Los objetivos de este estudio fueron (1) comparar la efectividad de estos métodos en la detección de patrones de ocupación de parches y (2) investigar el efecto de las variables ambientales en la probabilidad de detección de la trucha nativa mediterránea. Se registraron variables ambientales que caracterizan los hábitats de los pozos, y se emplearon modelos lineales generalizados (GLMs) para evaluar la correlación entre estas variables y la presencia/ausencia de truchas. El análisis de GLM reveló que la UVS tenía una mayor probabilidad de detección con un mayor volumen de pozo, mientras que las macrófitas sumergidas afectaron negativamente la probabilidad de detección. La detección desde las orillas del arroyo (VVS) se vio afectada negativamente por una alta tasa de turbulencia. En conclusión, nuestro estudio sugiere la utilidad de los métodos visuales para describir patrones de ocupación de parches de la trucha mediterránea. Sin embargo, los métodos pueden verse afectados de manera diferente por las variables ambientales. Por lo tanto, los programas de monitoreo que utilicen estos métodos deben considerar estos factores para garantizar una descripción confiable de la distribución de la trucha dentro de los arroyos intermitentes.