La proliferación de cianobacterias causada por la eutrofización del agua ha amenazado la salud humana y se ha convertido en un problema ambiental global. Para desarrollar algicidas verdes con alta especificidad y eficiencia, se diseñaron y sintetizaron tres series de derivados de ésteres y amidas a partir de los aleloquímicos parentales del ácido cafeico (CA), ácido cinámico (CIA) y ácido 3-hidroxil-2-naftoico (HNA). Se evaluaron sus efectos inhibitorios sobre el crecimiento de cinco especies de cianobacterias dañinas. Los resultados revelaron que los ésteres de CIA sintetizados a partir del ácido cinámico y alcoholes grasos mostraron el mejor efecto de inhibición, con valores de EC que oscilan entre 0.63 y >100 uM. Además, algunos ésteres de CIA exhibieron una buena selectividad en la inhibición de cianobacterias. Por ejemplo, la actividad inhibidora del cinamato de naftaleno-2-ilo fue mucho más fuerte sobre una especie que sobre otras. Se realizó un análisis de relación estructura-actividad cuantitativa tridimensional (3D-QSAR) y los resultados mostraron que la hinderncia estérica de los compuestos influenció la actividad algicida. Un estudio adicional del mecanismo encontró que la inhibición de los ésteres de CIA sobre el crecimiento podría estar relacionada con la acumulación de malondialdehído (MDA).