La secuenciación de ARN de un solo núcleo (sNucRNA-seq) es una tecnología emergente que ha sido adoptada rápidamente y ha demostrado ser una herramienta poderosa para la caracterización detallada de cada tipo de célula y subtipos celulares en tejidos complejos de eucariotas superiores. sNucRNA-seq también se ha utilizado para disecar las respuestas transcripcionales específicas de tipo celular a señales ambientales o de desarrollo. En plantas, esta tecnología se está utilizando para identificar trayectorias específicas de tipo celular para el estudio de varios tipos de tejidos y rasgos importantes, incluida la disecación de células individuales de los determinantes genéticos que regulan las interacciones planta-microbio. La aislamiento de núcleos de alta calidad es uno de los pasos previos necesarios para obtener resultados de sNucRNA-seq de alta calidad. Aunque la aislamiento de núcleos de varios tejidos vegetales está bien establecido, este proceso es muy problemático cuando los tejidos vegetales están asociados con microbios beneficiosos o patógenos. Por ejemplo, los tejidos de raíz colonizados con bacterias de rizobio (nódulos), el tejido foliar infectado con patógenos bacterianos o fúngicos, o raíces infectadas con nematodos presentan desafíos críticos para la aislamiento de núcleos de alta calidad y su uso para aplicaciones posteriores. Por lo tanto, la aislamiento de núcleos de alta calidad y libres de microbios de tejidos vegetales es necesaria para evitar obstrucciones o interferencias con el canal microfluídico (por ejemplo, 10x Genomics) o emulsiones templadas por partículas que se utilizan en plataformas de sNucRNA-seq. Aquí, desarrollamos un método simple, efectivo y eficiente para aislar núcleos de alta calidad de raíces de soja y nódulos radiculares, seguido de la eliminación de la contaminación bacteriana. Este protocolo ha sido diseñado para ser fácilmente implementado en cualquier entorno de laboratorio, y también se puede escalar para su uso con múltiples muestras y aplicable a una variedad de muestras con la presencia de microbios. Validamos este protocolo generando con éxito una biblioteca codificada utilizando la plataforma microfluídica 10x Genomics a partir de tejido sometido a este procedimiento. Este flujo de trabajo fue desarrollado para proporcionar una alternativa accesible a los enfoques basados en instrumentos (por ejemplo, clasificación celular fluorescente) y ampliará la capacidad de los investigadores para realizar experimentos como sNucRNA-seq y sNucATAC-seq en muestras de tejido vegetal inherentemente heterogéneas.