El artículo presenta una generalización teórica y solución de un problema científico y aplicado actual que desarrolla principios teóricos, enfoques metodológicos y recomendaciones científicas y prácticas para mejorar el mecanismo de gestión de la eficiencia laboral en términos de desarrollo orientado a la innovación de las empresas. Se fundamenta que, en las condiciones de desarrollo orientado a la innovación de los ecosistemas, incluidas las empresas, la revelación de la esencia de la eficiencia laboral requiere la introducción de un enfoque dual cuantitativo-cualitativo: por un lado, la eficiencia laboral refleja la relación entre los productos fabricados (beneficios tangibles e intangibles) y los correspondientes costos laborales vivos (aspecto cuantitativo) y, por otro lado, es el resultado de la utilización de las capacidades productivas de las personas, caracterizado por productos fabricados de una calidad de consumidor particular con la creación de valor añadido (aspecto cualitativo). Se desarrollaron las bases conceptuales para la mejora del mecanismo de gestión de la eficiencia laboral en las empresas. Estas se basan en ciertas tareas, funciones, principios, métodos de gestión de la eficiencia laboral y el sistema formado de factores de influencia y los factores y reservas revelados para un aumento en la eficiencia laboral. Presuponen el desarrollo y la realización del programa correspondiente, que tiene como objetivo: optimizar los costos laborales totales; mejorar la calidad de los productos con una masa constante y la satisfacción con el proceso de trabajo de todos sus participantes; asegurar cambios positivos en el bienestar material y la calidad de vida sobre la base de la formación de una infraestructura de innovación moderna de la empresa.