La paleogenómica se centra en la recuperación, manipulación y análisis de ADN antiguo (aDNA) de organismos históricos o extintos para reconstruir y analizar sus genomas. El aDNA se obtiene comúnmente de restos encontrados en sitios paleontológicos y arqueológicos, conservados en museos y en otras colecciones archivísticas. Estas colecciones representan una gran fuente de información fenotípica y genotípica, y su explotación ha permitido inferir y aclarar relaciones taxonómicas y sistemáticas previamente no resueltas. Además, los especímenes ofrecieron una nueva fuente para estudiar rasgos fenológicos en plantas y para desentrañar la biogeografía y los escenarios evolutivos de las especies. Más recientemente, los avances en tecnologías moleculares fueron paralelos a la disminución de los costos de los enfoques de secuenciación de nueva generación (NGS), lo que allanó el camino para la utilización de aDNA en estudios de genoma completo. Aunque se han realizado muchos estudios combinando técnicas analíticas modernas y muestras antiguas, como los especímenes, este campo de investigación sigue siendo relativamente inexplorado debido a la necesidad de mejorar las estrategias para la manipulación y explotación de aDNA a partir de muestras antiguas. La mayor susceptibilidad del aDNA a la degradación y contaminación durante la conservación y manipulación, así como la ocurrencia de daños bioquímicos postmortem, pueden resultar en una reconstrucción más desafiante de la secuencia original de ADN. Aquí, revisamos los enfoques metodológicos que se han desarrollado para la explotación de materiales vegetales históricos, como las mejores prácticas para la extracción, amplificación y genotipificación de aDNA. También nos enfocamos en algunas estrategias para superar los principales problemas relacionados con la utilización de especímenes para su explotación en estudios evolutivos de plantas.