Los ecosistemas naturales están disminuyendo y fragmentándose a nivel global a tasas sin precedentes. La fragmentación de los ecosistemas naturales conduce a una disminución en las funciones y servicios con un impacto severo en las personas. En Ecuador, a pesar del establecimiento de la clasificación de ecosistemas a nivel nacional, esta información básica no se ha explotado completamente para generar un sistema de monitoreo de los cambios en los ecosistemas. Los ecosistemas forestales son alterados diariamente en Ecuador por el impacto humano, pero la relación entre la fragmentación forestal y el uso del suelo por parte de los humanos no ha sido explorada adecuadamente. Para proporcionar una visión general de cómo la reciente fragmentación forestal a nivel nacional y de ecosistemas fue afectada por las prácticas en el uso del suelo humano, cuantificamos el grado de fragmentación forestal utilizando el índice de fragmentación forestal (FFI). Se analizó la relación entre el grado de fragmentación del ecosistema forestal y el uso del suelo humano de 64 ecosistemas forestales naturales durante el período de 1990 a 2014. A nivel nacional, la expansión de pastizales y áreas habitadas aumentó significativamente la fragmentación forestal. Los modelos de regresión basados en el valor del FFI indicaron que la fragmentación forestal estaba altamente correlacionada con los pastizales en ecosistemas forestales con fragmentación baja, moderada y alta en 2014 debido a un aumento progresivo de los pastizales. Este estudio mostró las brechas críticas entre las estrategias de conservación forestal y las prácticas reales en el uso del suelo humano.